Ignalina ilgą laiką neturėjo miesteliams būdingo pastato – bažnyčios. Tarpukariu Ignalinos kraštas buvo okupuotas lenkų. Visose mokyklose buvo dėstoma tikyba, o Ignalinos mokykloje aukojamos ir šv. Mišios. Ignalinos gyventojai melstis vykdavo į Palūšės ir Vidiškių bažnyčias. Pirmasis žmogus, viešai išreiškęs mintį statyti Ignalinoje bažnyčią – Breslaujos dekanato ir Dūkšto bažnyčios rektorius Petras Stupkevičius.
1928 metais koplyčia buvo įrengta išnuomotame bute Vilkakalnyje. Ją pašventino kunigas P. Stupkevičius. Vėliau buvo išnuomotas namas su nemaža aikštele netoli Gavio ežero. Jame buvo įrengta koplyčia, pašventinta bei aukotos pirmos šv. Mišios. 1929 m. spalio mėnesį suorganizuotas Ignalinos bažnyčios statybos komitetas.
Ignalinos bažnyčios statybai lėšos buvo renkamos organizuojant įvairius jaunimo vaidinimus, loterijas ir vakarėlius. 1931 m. ponai Elena Dorochova ir Antanas Rechs padovanojo 10 594 kv. m žemės plotą bažnyčios statybai ir nupirko medinį namą. Namas buvo įrengtas kaip koplyčia ir, pastačius bažnyčią, turėjo tapti klebonija. 1933 m. koplyčia buvo pašventinta.
1934 m. įrengti pamatai naujai Ignalinos bažnyčiai, o 1935 m. – pašventinti. Ignalinos bažnyčios statybą sustabdė prasidėjęs Antrasis pasaulinis karas. Po karo nebaigtą statyti bažnyčios pastatą nusavino sovietų valdžia. Pastate buvo įrengti kultūros namai, o šiuo metu tai Ignalinos rajono savivaldybės viešoji biblioteka. Šv. Mišios koplyčioje aukotos, kol buvo pastatyta dabartinė Ignalinos bažnyčia.
Naujos Ignalinos Švč. Mergelės Marijos Gimimo bažnyčios istorija prasidėjo 1989 m., kai buvo pašventintas kertinis akmuo. Jį pašventino Eminencija Vilniaus arkivyskupas Julijonas Steponavičius. 1996 m. rugpjūčio 18 d. J. Em. arkivyskupas A. J. Bačkis pašventino koplyčią apatiniame aukšte, o 1999 m. konsekravo bažnyčią. Bažnyčia buvo statoma aukotojų lėšomis, todėl statybos užsitęsė. Bažnyčią projektavo jaunas gabus architektas Ričardas Krištapavičius. Už šį projektą autorius tuo metu sąjunginiame architektų konkurse Maskvoje apdovanotas aukso medaliu. Dizaineris – Vincas Dineika, konstruktoriai – Česlovas Gerliokas, Viktoras Milvydas, Algirdas Snuviškis, darbų vykdytojas – Vladas Stankevičius. Bažnyčios interjere – Stanislovo Kuzmos skulptūros.
Per 75 metus Ignalinos katalikams vadovavo nemažai kunigų. Vieniems bažnyčioje teko dirbti ilgiau, kitiems trumpiau. Prieškariu ir karo metu kunigų kaita buvo mažesnė. Tada parapijos gyventojų dvasinius reikalus tvarkė kun. Petras Vytautas Stupkovičius (tapęs rektoriumi), kun. Edmundas Mirauskas. Nuo 1946 metų beveik kasmet į Ignalinos bažnyčią nuolatiniam darbui buvo siunčiami vis nauji kunigai. Tai kun. Jonas Grigaitis (1946), kun. Antanas Dilys (1947), kun. Jonas Deksnys (1948), kun. Romualdas Blažys (1948), kun. Donatas Valiukonis (1953), kun. Petras Daunoras (1957), kun. Algis Miškinis (1960), kun. Vytautas Rūkas (1962), kun. Česlovas Taraškevičius (1965), kun. Jonas Balčiūnas (1968).
Nuo 1968 metų Ignalinos bažnyčioje dirbo kun. Ignas Jakutis. 40 savo kunigystės metų jis atidavė Ignalinos katalikų tikintiesiems, rūpinosi senosios bažnytėlės remontu bei naujosios bažnyčios statybos reikalais. 2000 metais, įvertindamas kunigo I. Jakučio pastoracinį uolumą ir nuveiktus darbus Bažnyčiai, popiežius Jonas Paulius II suteikė jam monsinjoro titulą. 2016 m. Ignalinos parapijos tikinčiųjų vadovui už rūpinimąsi bažnyčios statyba ir visuomenine veikla buvo suteiktas Ignalinos rajono garbės piliečio vardas.